Λόγω του τρόπου λειτουργίας και οργάνωσης του υποθηκοφυλακείου, δεν είναι καταχωρημένο στο εκάστοτε υποθηκοφυλακείο το σύνολο των δικαιωμάτων ενός προσώπου για όλα τα ακίνητά του σε οποιαδήποτε περιοχή της Ελλάδος. Επομένως η έρευνα αναγκαστικά περιορίζεται μόνο στα ακίνητα της συγκεκριμένης περιφέρειας. Εφόσον ένα πρόσωπο έχει δικαιώματα σε ακίνητα σε περισσότερες περιοχές, θα πρέπει να διενεργηθεί έρευνα σε όσα υποθηκοφυλακεία είναι αρμόδια γι’ αυτές. Για την ορθή έρευνα αναγκαία είναι η γνώση των προσωπικών στοιχείων του ελεγχομένου προσώπου καθώς και του τόπου του ακινήτου.
Οι εγγραφές στο υποθηκοφυλακείο δεν απολαμβάνουν της αρχής της δημόσιας πίστης, υπό την έννοια ότι τα υποθηκοφυλακεία δεν ελέγχουν την πραγματική νομική κατάσταση του δικαιούχου, αλλά την κανονικότητα των διενεργηθεισών εγγραφών. Έτσι, η μεταγραφή στο υποθηκοφυλακείο ενός νομίμου συμβολαίου δεν διασφαλίζει την έναντι πάντων ισχύ της κυριότητας του αποκτώντος, εάν π.χ. ο πωλητής δεν ήταν αληθής κύριος. Αυτή η κατάσταση πρόκειται ωστόσο να ανατραπεί στο πλαίσιο του κτηματολογίου.
Η έρευνα στο υποθηκοφυλακείο ξεκινάει με την έρευνα στα βιβλία μερίδων, που τηρούνται αλφαβητικά και αναφέρουν όλους τους δικαιούχους περιουσιακών δικαιωμάτων σε ακίνητα της περιφέρειας του εκάστοτε υποθηκοφυλακείου και περιέχουν παραπομπές στα λοιπά βιβλία του υποθηκοφυλακείου.
Ένα θετικό στοιχείο του συστήματος αυτού έχει να κάνει με την αναγκαστική εκτέλεση. Ο δανειστής μπορεί συγκεκριμένα εφόσον δεν γνωρίζει την περιουσιακή κατάσταση του οφειλέτη του, μπορεί με έρευνα στο υποθηκοφυλακείο στο οποίο πιθανολογεί ότι υπάρχουν δικαιώματα του οφειλέτη σε ακίνητα, να διεξαγάγει την έρευνα και να εντοπίσει ακίνητα που μπορούν να κατασχεθούν.
Στην έρευνα υπάγονται περαιτέρω ο έλεγχος της ύπαρξης βαρών, όπως π.χ. υποθηκών, κάτι που ελέγχεται από το βιβλίο υποθηκών, το οποίο επίσης τηρείται ονομαστικά. Στο κτηματολόγιο τα βάρη αναφέρονται δε τα βάρη στο ίδιο φύλλο μαζί με τα περιουσιακά δικαιώματα χωρίς να χρειάζεται έρευνα βάσει ονόματος.
Για συγκριτικούς λόγους, στη Γερμανία εκδίδεται ένα απόσπασμα κτηματολογίου (Grundbuchauszug) παρόμοιου με αυτό του κτηματολογίου στην Ελλάδα. Μια διαφορά είναι ότι στη Γερμανία αυτό που φαίνεται καταχωρημένο στο κτηματολόγιο έχει αμάχητο τεκμήριο αλήθειας, επομένως ο εκάστοτε αγοραστής μπορεί να έχει απόλυτη και πλήρη βεβαιότητα ότι το ακίνητο που αγοράζει ανήκει σ’ αυτόν που φαίνεται στο Grundbuchauszug. Κάτι που στο σύστημα του ελληνικού υποθηκοφυλακείου δεν διασφαλίζεται επαρκώς.
Λόγω του συστήματος του υποθηκοφυλακείου, θα πρέπει στην Ελλάδα επιπλέον να εξετάζεται εάν ο πωλητής είναι ο αληθής ιδιοκτήτης, και γι’ αυτό πρέπει συνήθως να ελεγθούν και οι προ αυτού κύριοι του ακινήτου, σε βάθος 20-30 ετών. Η έρευνα σε τέτοιο χρονικό βάθος έχει να κάνει και με τους χρόνους χρησικτησίας που προβλέπονται στο νόμο.
Ο θεσμός της χρησικτησίας έχει πολύ ισχυρή θέση στην ελληνική πραγματικότητα. Αυτός προβλέπεται στα άρ. 1045 επ. ΑΚ, και σύμφωνα με αυτά η χρησικτησία συντελείται είτε σε 10 χρόνια (τακτική χρησικτησία) είτε σε 20 χρόνια (έκτακτη χρησικτησία). Στο πλαίσιο αυτό, θα πρέπει να ελέγχεται στο υποθηκοφυλακείο εάν ο πωλητής και οι προκάτοχοί του, βάσει της σειράς των τίτλων, κύριος του ακινήτου σε βάρθος 20ετίας, ώστε να υπάρχει η αντίστοιχη βεβαιότητα.